Стоит перезагрузить компьютер с любимой Ubuntu и остается только одна единственная раскладка установленная по умолчанию?
Гнев, досада, лучи ненависти в сторону разработчиков гнома? Не стоит, ведь есть workaround!
Добавляете недостающую раскладку (у меня не хватало русской), двигаете ее вверх и дефолтной ставите нужную вам. 
Works like a charm.
PS. ссылка на баг в лаунчпаде – https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/xserver-xorg-input-keyboard/+bug/196277